BECO werd in 1990 opgericht door Franc van den Berg als 'BECO Milieumanagement en Advies'. In 1997 werd BECO België opgericht.
In het begin was BECO voornamelijk betrokken bij projecten rond schoner produceren voor KMO’s (besparingsmogelijkheden op afval, energie en water in kaart brengen). In de loop der jaren vond er een verbreding van de werkdomeinen en doelgroepen plaats. Dit was één van de redenen voor de naamsverandering in 2002: BECO Milieumanagement & Advies werd toen BECO Groep.
Momenteel telt BECO een zestigtal medewerkers in Nederland en België samen.